Üdv Rogueportban! Mario azért látogat el ebbe a hírhedt, zsiványok lakta városba, hogy segítsen Princess Peach-nek a kincsvadászatban. Peach azonban sehol sincs! Miután megismeri a Crystal Starok legendáját, Mario útra kel, hogy megtalálja őket, és remélhetőleg a hercegnő nyomára is akadjon...
Persze nem Mario az egyetlen, aki a Crystal Starok megtalálásában reménykedik - és ezúttal nem csak Bowser akar bajt okozni! Vajon hősünk fel tudja-e tárni ezeket az ősi ereklyéket, ki tudja-e nyitni a város mélyén eltemetett Thousand-Year Doort, és talán még a világot is meg tudja menteni?
Minden történetnek szüksége van hősökre és gonosztevőkre, és ez ebben az esetben sincs másképp! Íme, csak néhány a furcsa szereplők közül, akikkel találkozhatsz, miközben egyre többet derítesz ki a Thousand-Year Door legendájából...