A történet hét évvel a FINAL FANTASY VII (1997) cselekményei előtt kezdődik és Zack Fair-t követhetjük benne, egy fiatal és ambiciózus Shinra SOLDIER-t. Zack azt a feladatot kapja, hogy lenyomozzon egy eltűnt SOLDIER 1st Class operative-ot, Genesis Rhapsodost.
Azonban ahogy a kalandja kibontakozik, felfedezi a Shinra sötét titkait és kísérleteit, valamint a szörnyeket, amiket létrehoznak. A játékban szerepel jónéhány karakter a FINAL FANTASY VII franchiseból, mint Cloud, Sepiroth, Aerith és mások.
